Lo smantellamento degli impianti nucleari, oltre alla produzione di rifiuti radioattivi, comporta anche la produzione di rifiuti convenzionali: tali rifiuti sono classificati assegnando loro un codice CER (Codice Europeo Rifiuti) che permette di standardizzare i processi di gestione e conferimento ai soggetti autorizzati, prediligendone prioritariamente, laddove non possano essere più riutilizzati, il loro recupero, ovvero lo smaltimento finale.
Al riguardo, Sogin già nelle fasi progettuali di tutti i suoi processi produttivi lavora per minimizzare la produzione del rifiuto destinato allo smaltimento e massimizzare la frazione degli stessi inviati a recupero.
La Società garantisce la tracciabilità di tutti i rifiuti, dal momento dello smontaggio o della demolizione fino al centro di recupero o di smaltimento.